Der FORSTPRINT umfasst zunächst besonders wichtige und im Wald häufig gepflanzte Baumarten. Er basiert auf folgendem Prinzip: Mittels molekularbiologischer Methoden wird aus der Erbinformation, sprich DNA, ein genetischer Fingerprint erstellt. Durch den Vergleich dieser charakteristischen Profile können Verwandtschaftsverhältnisse geklärt werden.

Schon bei der Saatguternte werden Rückstellproben genommen und eingelagert. Die Rückstellproben entsprechen im Grunde den Einzelbaumproben. Im Zuge der Kontrolle, wird vom Saatgut im Handel bzw. vom Pflanzgut aus Baumschulen ein genetischer Fingerprint erstellt. Dieser wird mit dem Fingerprint aus der Rückstellprobe verglichen. So kann die Identität der jeweiligen Vermehrungsgut-Partie  überprüft werden.

Entscheidend bei diesem Verfahren ist die Nachvollziehbarkeit: Für alle Teilnehmer der Wertschöpfungskette, das sind Beerntungsunternehmen, Baumschulen, Händler und Forstbetriebe, soll sichergestellt werden, dass der Ablauf der Pflanzenproduktion einwandfrei verlaufen ist und das gelieferte Vermehrungsgut der Herkunftsangabe entspricht.

Hier, am Beispiel der Vogelkirsche, stark vereinfacht dargestellt wie eine Verwandtschaftsanalyse von Forstsaatgut mittels Mikrosatellitenanalyse funktioniert:

Das Saatgut wurde am Boden des Bestandes aufgesammelt. Jetzt wollen wir überprüfen, ob es von diesem Altbaum stammt.

Ganz oben im Bild rechts sehen wir den Fingerprint des Mutterbaumes, darunter die Fingerprints der Samen. Die ersten drei Samen stammen mit hoher Sicherheit von unserem Mutterbaum, denn sie besitzen mindestens eine gemeinsame Variante = Allel. Die ist hier im Bild rot markiert. Der vierte Samen kann allerdings ganz sicher nicht von unserem Baum stammen, denn er trägt keine der Varianten des Mutterbaumes.